Православная церковь в честь святого великомученика Георгия Победоносца построена в станице Кокчетавской в 1850 году. Строился храм на пожертвованные в 1835 году деньги в количестве 10 000 рублей Томским почетным гражданином Степаном Поповым.
26 ноября 1851 года церковь была освящена.
В 1875 году перенесена на площадь в центр станицы, вновь освящена 11 января 1876 года.
По причине роста населения станицы и городского населения 28 января 1889 года принято решение о строительстве новой церкви в центре города. Строительство длилось 5 лет, т.к. велось за счет пожертвований прихожан и жителей селений Павловское и Еленинское, где церквей не строилось.
Церковь во имя Архистратига Божия Михаила построена в 1895 году. По причине не имения причта церковного горожанами было принято решение об обращении к его Преосвященству епископу городов Омска и Семипалатинска Григорию.
Освящена церковь 6 июня 1896 года. Ведущая к ней улица стала именоваться Михайло-Архангельская.
Журнал Омской Духовной консистории от 1 января 1897 года, ст.1 «При Михаило-Архангельской церкви г. Кокчетава открыть самостоятельный приход с причтом для священника и псаломщика».
Протоколом Омской духовной консистории за № 270, утвержденном его Преосвященством 15 октября 1896 года об открытии самостоятельного прихода при Михаило-Архангельской церкви в г. Кокчетаве и о закрытии вакансии второго священника в Георгиевской церкви». Данную вакансию занимал священник Иоанн Машенин. Он стал первым священником церкви Михаила Архангела. По характеру строения – деревянное здание, каменный фундамент, деревянная колокольня, здание обнесено было деревянной резной оградой. Население прихода на момент открытия храма составляло 1069 мужчин, 1073 женщин.
Церковно-приходское попечительство открыто в 1900 году. На пасхальной неделе причт посещает все дома прихожан со святым крестом, после проводили обход со святыми иконами по домам прихода.
2 февраля 1918 года Советом народных комиссаров принят декрет об отделении государства и школы от церкви.
5 апреля 1923 года - передача имущества в связи с отделением церкви от государства и школы от церкви. Настоятель-священник Иоанн Маслов.
В апреле 1923 года проведены ревизии и составлены описи имущества Георгиевской и Михаило-Архангельской церквей, подсчитано количество икон, подсвечников, колоколов, облачений. Всё описанное под расписку было передано священникам и церковным старостам. Из описи: «Церковь и колокольня имеют пять глав: одна над алтарем, другая над серединою церкви, третья и четвертая по бокам храма и пятая над колокольнею. Все главы покрыты вызолоченным железом и заканчиваются вызолоченными крестами, иконостас деревянный, выкрашен красной краской, резьба и колонны вызолочены».
В 30-е годы 20 века в Кокчетаве функционировала только Михаило-Архангельская церковь, Георгиевская была заброшена и использовалась как склад. Действующая церковь не давала покоя властям. Наступило время репрессий и расстрелов, ссылок неугодных действующему в стране режиму священнослужителей и мирян. Вот лишь некоторые дошедшие до нас имена тех, кто пострадал за исповедание православия. Данные о священнослужителях и мирянах, убиенных, сосланных, пострадавших в 30-е годы 20 века на территории нынешней Кокшетауской и Акмолинской Епархии, обладает государственный архив. Силами прихожан храма Архистратига Михаила г. Кокшетау эти имена сегодня стали известны и присно поминаемы:
Декабрь 1937 года – здание церкви передано Горсовету.
19 марта 1938 года верующим было предложено, «… ремонт церкви произвести обязательно в 1938 году в сроки с 1 апреля по 1 июня. Поручить т. Черникову (и. о. председателя горсовета) не позднее 1 апреля 1938 года заключить обязательство с «двадцаткой» Михаило-Архангельской церкви на производство ремонта церкви, в случае отказа поставить вопрос об изъятии церкви». (Гос. Архив г. Кокшетау, ф.107, по.1, д.29, л.30). Сумма составляла 16417 рублей 69 копеек, собрать которую не удалось.
6 апреля 1939 года на общем собрании религиозного общества города Кокчетава, было решено «передать Михайловскую церковь в распоряжение горсовета со всем церковным имуществом». С просьбой передать для отправления религиозных служб Георгиевскую церковь верующие обратились к руководству города, которое, в свою очередь, постановило: «…Религиозное общество обязуется провести ремонт Егорьеской церкви не позднее 1-го августа».
На внеочередном заседании Президиума горсовета от 20 апреля 1939 года принято решение о перестройке храма под городской клуб. Верующие обратились с просьбой в горисполком о разрешении совершать богослужение в церкви Архангела Михаила хотя бы до 10 мая 1939 года, дабы иметь возможность привести в порядок Георгиевскую церковь, в прошении также была указана просьба зарегистрировать священника Николая Васильевича Обододовского для служения в храме.
30 декабря 1939 года «в целях улучшения благосостояния трудящихся жителей города» была утверждена смета по благоустройству г. Кокчетава на 1940 год. Под №1 в смете значилось «переоборудование церкви под городской клуб – 82 600 рублей».
17 января 1940 года - здание Георгиевской церкви передано под музей.
10 апреля 1940 года - решением горсовета передача здания Михаило-Архангельской церкви под клуб в ведомстве промартели сроком на 15 лет.
С 1940 по 1947 год, с оборудованной на месте алтаря сценой, церковь Архистратига Михаила была городским клубом. А в 1949 году её рубленное из бревен здание было разобрано и перенесено на пустырь вдоль нынешней улицы им. Ш. Уалиханова (по материалам Кокшетауской еженедельной газеты Курс № 41 (541) от 15 октября 2009 года), благодаря вмешательству архиепископа Алма-Атинского Николая (Могилевского), который послал телеграмму в Москву в Совет по делам церквей с требованием вернуть храм верующим.
С 1944 года по 1946 года - богослужения проводились по домам православных прихожан.
С 1946 года по 1949 год - богослужения проводятся в квартире священника Феодора Васильевича Дергачева по ул. Красная, д. 82.
20 мая 1947 года - зарегистрирована православная община по адресу: ул. Красная, д. 82.
27 мая 1947 года - зарегистрирована община в банке (Священник Сергей Александрович Боженов)
5 августа 1948 года - получено решение о возврате верующим здания Церкви на снос.
Декабрь 1948 года - верующие разбирают здание Церкви.
Январь 1949 года – начато строительство Церкви на новом месте, около базарной площади.
31 января 1949 года - решение властей от 5 августа 1948 года о возврате верующим здания Церкви на снос отменено решением властей г. Кокчетава.
2 февраля 1949 года - строительство прекращено, хотя прихожанами уже было уложено от основания здания 10 венцов бревен.
17 мая 1949 года - получено решение горсовета от отводе земельного участка под строительство Церкви по ул. Южная.
3 июня 1949 года - начало строительства храма Архангела Михаила на новом месте.
12 сентября 1949 года – воздвигнутое на новом месте силами прихожан здание церкви Архангела Михаила было принято в эксплуатацию комиссией в составе главного инженера облкомхоза и заведующего горкомхозом. Священник Матвей Илларионович Раков.
Ноябрь 1949 года - совершение освящения вновь выстроенного храма.
24 ноября 1949 года - священником храма Архистратига Михаила зарегистрирован Александр Павлович Игумнов.
15 февраля 1950 года - договор о передаче здания церкви верующим.
12 мая 1950 года - Церковь была закрыта. Священник Максим Алексеевич Ломакин ходатайствует перед властями об открытии Церкви и возобновлении богослужений.
7 февраля 1954 года были проведены перевыборы церковного совета и ревизионной комиссии. Настоятелем служит Максим Алексеевич Ломакин.
С 1973 по 1975 год в храме служит священником Амвросий Шульгай, назначенный митрополитом Иосифом.
27 января 1975 года назначен служить протоиерей Виктор Голубев.
2 января 1987 года настоятелем храма епископом Евсевием (Савиным) Алма-Атинском и Казахстанским назначен протоиерей Василий Качанкин.
В 1989 году протоиерей Амвросий Шульгай повторно назначен в штат храма епископом Евсевием (Савиным).
По состоянию на май 2022 года в храме Архистратига Михаила г. Кокшетау служат: настоятель храма протоиерей Константин (Копнин), иеромонах Евлогий (Щербак), ключарь храма, иеромонах Власий (Кайдан), иерей Виктор Горбунов, диакон Андрей Куляс.
Приход имеет Крестильное здание, здание Воскресной школы и просфорни, кирпичную колокольню, жилой дом, трапезную.
В храме Архистратига Михаила есть особо почитаемые иконы. Образ Богородицы «Скоропослушница» и Её же Пречистый образ «Достойно есть», написанные на святой горе Афон. Иконам более 100 лет.